基本公积金与补充公积金在必要性、覆盖面、缴存金额、实施流程上有不同，具体如下：

必要性：基本公积金只要员工与用人单位建立劳动关系就应该购买，属于强制的，必要的；补充住房公积金属于单位和员工自愿购买。
覆盖面：基本公积金凡在中华人民共和国境内单位都可以购买；补充公积金是足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属的具有本市城镇常住户口的职工可以购买，国家机关、差额预算事业单位和社会团体不购买，不是覆盖所有企业和城市，比如上海可以购买，深圳则不能。
缴存金额：基本公积金规定缴纳基数为员工上一年度月平均工资，缴纳比例5-12%；补充公积金缴存基数与基本公积金一致，但职工本人和单位的补充住房公积金的缴存比例，分别不得大于各9％和少于各1％。
实施流程：基本公积金单位录用职工的，应当自录用之日起30日内为其购买，无需经过其他审核；购买补充公积金的单位应当先经本单位职工代表大会(外商投资企业经企业工会)讨论通过，报上级主管部门(外商投资企业报董事会)审核同意，并报市公积金管理中心备案。公积金与住房基金的区别是：
　　一、公积金是国家规定的、单位和个人按一定比例缴交的住房公积金，帐户内的款项归个人所有，主要用于住房消费，如自建、大修自自住房，偿还购房贷款的本息，租房的房租超过家庭收入比例时的补贴等；正常缴交公积金的购房时可以申请公积金贷款。
住房基金是各单位（效益好的单位）为解决职工住房困难而设置的基金（单位个人各交一定的比例），其款项是留在单位帐户上的，财务部门专门开有一个“住房基金”帐户。使用时各单位的规定不一，一是作为职工购房时的补贴用，当职工购房时可申请提取全额的住房补贴款；二是无息贷款给职工用于购房，如用于首付等。当职工离开单位（如退休）时，全额发放给职工的一种基金。按以上的解释，公积金款项是交到当地的公积金管理中心的，由公积金管理中心来管理。
　　二、公积金内有两种：一是基本公积金（必须交），二是补充公积金（单位根据情况确定是否交），所以这个住房基金也是公积金，叫“补充公积金”，是效益好的单位才有。你单位如果是这样的话，那住房基金际上也是公积金，全称叫“补充公积金”。这住房基金究竟是不是补充公积金，区别的原则是：该基金如果是单位自己管理的，就叫“住房基金”；如果是当地公积金管理中心管理的，就叫“补充公积金”。其权益都属于职工个人所有。补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，基本特征与公积金相同，是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有。不强求缴纳，个人不超过7%，单位不小于1%。

由于补充公积金账号和基本公积金账号存在关联，借款人在办理冲还贷手续时只要提供了基本公积金账号，计算机在扣款时就会根据关联规则自动从对应的补充公积金账户内进行扣款，扣款顺序先扣基本公积金账户，后扣补充公积金账户。