商铺的话不存在免税，个人住房自住超过5年的免税。商铺转让可以扣除的有原值和各种税金
按你的例子：
应纳税所得额=100-50-1.5-5*1.1（营业税和城建税及教育附加）-0.12=42.88
个税=42.88*0.2=8.576万元
PS：1.其他交易服务费不确定能否扣除，如果你保留收费单据的话也许可以扣除，不过影响不大。
2.增值税是流转税，个税中不能扣除。而且您所说的3%应该是您的店铺是小规模纳税人销售而向税务部门交的增值税吧《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)规定，企业销售未完工开发产品取得的收入，应先按预计计税毛利率分季(或月)计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额。

计算公式：(未完工的收入*15%+利润总额)*25%

如果预计销售1616.4万元，暂不考虑本年利润总额：应交所得税=(1616.4*15%)*25%=60.615万元。依新31号文的规定。
企业在未决算时，可以在本期先行计提一些费用。
但不得超过10%的限度。
所以，你们未决算的，要么按简易征收办法征税，要么计提未决算的相关成本进行汇算。房地产开发企业实行按照预计毛利率预缴企业所得税，按照工程项目的属性不同，预缴的毛利率不同，一般普通商品房241714.18是按预收房款15%*25%计算交纳所得税的.：请参考国税发(2009)31号文
预售收入应预交所得税=（预售收入*预计毛利率-费用、税金）*25%
=（9179225*15%-410027.02）*25%
=241714.18元